Seine frühe Kindheit verbrachte Bach in Eisenach, wo er durch den Cousin seines Vaters, den Organisten Eisenacher Georgenkirche Johann Christoph Bach, auch erstmalig mit Kirchen- und Orgelmusik in Kontakt kam. In dem Alter von 8 Jahren kam Bach auf die Lateinschule des Eisenacher Dominikaner Klosters, die er aber bereits 1695 nachdem Tod seiner Mutter (1694) und seines Vaters wieder verließ, da ihn sein 16 Jahre älterer Bruder Johann Christoph in Ohrdruf aufnahm und seine weitere Erziehung übernahm. Von ihm lernte Bach das Orgelspiel und das Komponieren.

1703 wurde er aufgrund seines guten Orgelspiels Organist in Arnstadt, vier Jahre später wechselte er nach Mühlhausen (Thüringen), wo er seine Cousine Maria Barbara Bach heiratete. Hier schrieb er auch seine ersten Kantaten. Ca. ein Jahr später bekam er eine Stelle als Hoforganist, später als Konzertmeister, am Hofe des Herzogs Wilhelm Ernst in Weimar. Seine Kündigung brachte ihm 1717 vier Wochen Haft ein.

Von 1717 bis 1723 war er Kapellmeister am Hof von Fürst Leopold von Anhalt-Köthen in Köthen. 1720 starb seine Frau. Ein Jahr später heiratete er erneut, und zwar die Sängerin Anna Magdalena Wülcken (Wilcke). Von 1723 an war er bis zu seinem Tode Thomaskantor in Leipzig, wo er nicht ca. zu musikalischen Aufgaben verpflichtet war, sondern auch auf dem angegliederten Internat als Lateinlehrer lehrte. In seinen letzten Lebensjahren erblindete Bach vollständig; 1749 unterzog er sich einer Operation an beiden Augen. Er starb am 28.07 1750 in Leipzig. Nach zweimaliger Umbettung befindet sich sein Grab heute in der Leipziger Thomaskirche.

Bach war bereits zu Lebzeiten ein Orgel- und Cembalovirtuose von europäischer Berühmtheit. Er war ebenfalls ein Meister der Improvisation. Am Hofe von König Friedrich II. von Preußen improvisierte er zunächst eine dreistimmige Fuge nach einem vorgegebenen Thema, anschließend eine sechsstimmige Fuge nach einem selbstgewählten musikalischen Thema. Bis auf Opern schrieb Bach Werke in allen musikalischen Gattungen.

Zu den bedeutendsten zählen:

Insgesamt schrieb Bach fünf Passionen. Die Johannes- und Matthäuspassion sind die einzigen erhaltenen authentischen Passionen von Bach. Es ist anzunehmen, dass unter den drei anderen verschollenen Passionen die Lukaspassion und die Markuspassion waren. In seinen Passionen griff Bach häufig auf Choräle des bekannten Kirchenliederdichters Paul Gerhardt zurück.
Seine Werke wurden von Wolfgang Schmieder in dem Bach-Werke-Verzeichnis (BWV) katalogisiert.

In allen Gattungen setzte er neue Maßstäbe sowohl durch die souveräne Beherrschung der musikalischen Technik (Kontrapunkt; Polyphonie; Harmonik) wie durch die Tiefe der geistigen Durchdringung.

Bach hatte 17 Kinder, von denen 7 schon vor ihm starben. Vier von Bachs Söhnen wurden ebenfalls Komponisten, die als solche zu Lebzeiten teilweise den Ruhm ihres Vaters überstrahlten:

• Wilhelm Friedemann Bach, der Dresdener oder Hallesche Bach (1710-1784)
• Carl Philipp Emanuel Bach, der Berliner oder Hamburger Bach (1714-1788)
• Johann Christoph Friedrich Bach, der Bückeburger Bach (1732-1795)
• Johann Christian Bach, der Mailänder oder Londoner Bach (1735-1782)

Zeit seines Lebens war Bach mit Leidenschaft als Instrumental- und Kompositionslehrer tätig. Die Schüler lebten, häufig über lange Zeit, in dem Haushalt der Familie und nahmen später wichtige Kapellmeister- und Kantorenposten ein. Sie waren es, die Bachs Namen und musikalischen Nachlass auch in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts lebendig hielten.

Im Jahr 1789 kam Wolfgang Amadeus Mozart nach Leipzig und hörte in der Thomaskirche Bachs Motette "Singet dem Herrn ein neues Lied". Außergewöhnlich beeindruckt, vertiefte er sich in andere Partituren Bachs, die er bekommen konnte. Die Spuren dieser Begegnung sind in Mozarts späterem Schaffen überall erkennbar.

Felix Mendelssohn Bartholdy gebührt das Verdienst, mit der Wiederaufführung der Matthäus-Passion am 11. März 1829 J. S. Bach wieder einer breiten Öffentlichkeit in das Bewusstsein gerückt zu haben. Er gab damit einen enormen Anstoß für die Publizität der Bachschen Musik.

Ihm zu Ehren wurde seine Büste in der Walhalla aufgestellt.

• Werner Neumann, Bachforscher
• Bachhaus